En tenant compte du critère hydrographique, l’espace de compétence de l’Agence de l’Eau du Liptako (AEL), est subdivisé en quatre (04) sous bassins. Il s’agit du sous bassin du Béli à l’extrême Nord, des sous bassins du Gorouol et du Dargol respectivement au Centre-est et à l’Est et enfin le sous bassin de la Faga occupant la plus grande superficie de l’espace d’Ouest au Sud. Il faut noter que chaque sous bassin a hérité du nom du principal cours d’eau qui le traverse.
Pour une meilleure gestion des ressources en eau de l’espace et dans le respect du principe de subsidiarité, les sous bassins ont été subdivisés en petite portion (toujours dans le respect du critère hydrologique) dont la responsabilité de la gestion incombe à un Comité Local de l’eau (CLE). Dans cette subdivision, l’espace de compétence de l’AEL compte un potentiel de 34 CLE. Actuellement neuf (09) CLE sont mis en place dans l’espace de compétence de l’agence et repartis dans les sous bassin suivant :
- Sous bassin du Béli : Béli Aval Sud ;
- Sous bassin du Gorouol : Gorouol Médian ;
- Sous bassin du Dargol : Dargol Amont Nord ;
- Sous bassin de la Faga : Faga Aval Centre-Est ; Faga Diyam Hanbu ou Faga Médian Centre ; Faga Médian Nord ; Faga Médian Sud ; Faga PKTYMB Koom ou Faga Amont Sud Centre ; Niima Zaabo.
Cependant le CLE Béli Aval Sud est non fonctionnel depuis sa mis en place pour raison d’insécurité.