L’AEL a pour missions principales :
- d’engager les acteurs de l’eau à la gestion concertée, intégrée, équilibrée et durable des ressources en eau du bassin hydrographique ;
- de traduire, à travers des schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) et des schémas d’aménagement et de gestion des eaux (SAGE), les orientations de la politique nationale de l’eau ;
- de promouvoir à l’échelle du bassin, une utilisation rationnelle des ressources en eau, la lutte contre la pollution et la protection des milieux aquatiques ;
- de percevoir des taxes auprès des utilisateurs de l’eau pour les prélèvements qu’ils effectuent et/ou la pollution qu’ils occasionnent, selon le principe « pollueur-payeur » ou « préleveur-payeur » ;
- d’apporter des aides financières diverses aux actions d’intérêt commun menées par les collectivités territoriales, les organisations socioprofessionnelles et les usagers ;
- d’apporter l’assistance technique aux études, travaux, suivi-évaluation, exécution et toutes autres actions entreprises afin de lutter contre le gaspillage et la pollution de l’eau, selon le principe « celui qui protège mieux est aidé » ;
- de préparer, en application des SDAGE et des SAGE, des programmes pluriannuels d’intervention afin de répondre aux besoins d’utilisation des eaux, de préservation et de restauration de la qualité de l’eau, de conservation des écosystèmes aquatiques, de protection des berges et de lutte contre l’envasement des cours d’eau et des plans d’eau ;
- de contribuer à la prévention et à la lutte contre les inondations et autres catastrophes naturelles liées à l’eau ;
- de développer et de diffuser les connaissances sur les ressources en eau et améliorer leur gestion ;
- de développer des partenariats avec tout organisme intervenant dans son domaine de compétence.