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En tenant compte du critère hydrographique, l’espace de compétence de l’Agence de l’Eau du Liptako (AEL), est subdivisé en quatre (04) sous bassins. Il s’agit du sous bassin du Béli à l’extrême Nord, des sous bassins du Gorouol et du Dargol respectivement au Centre-est et à l’Est et enfin le sous bassin de la Faga occupant la plus grande superficie de l’espace d’Ouest au Sud. Il faut noter que chaque sous bassin a hérité du nom du principal cours d’eau qui le traverse.
Pour une meilleure gestion des ressources en eau de l’espace et dans le respect du principe de subsidiarité, les sous bassins ont été subdivisés en petite portion (toujours dans le respect du critère hydrologique) dont la responsabilité de la gestion incombe à un Comité Local de l’eau (CLE). Dans cette subdivision, l’espace de compétence de l’AEL compte un potentiel de 34 CLE. Actuellement sept (07) CLE existent dans l’espace de compétence de l’agence. Ils sont déclinés ainsi qu’il suit :
- Sous bassin du Béli : Béli aval sud ;
- Sous bassin du Gorouol : Gorouol médian ;
- Sous bassin du Dargol : Dargol amont nord ;
- Sous bassin de la Faga : Faga amont centre est ; Faga diyam hunbu ou Faga médian nord ; Faga médian nord ; Faga pktymb Koom ou Faga amont centre sud.
Un huitième CLE est en cours de mise en place dans le sous bassin Faga amont sud sud.